El Estero de San José del Cabo es una Reserva Ecológica Estatal (REE) que fue decretada como Área Natural Protegida el 10 de enero de 1994, bajo la categoría de Zona Sujeta a Conservación Ecológica. Las Áreas Naturales Protegidas (ANP) se han declarado, entre otras cosas, con la intención de conservar zonas y elementos representativos de los diversos ecosistemas presentes en el país, los cuales se caracterizan por una considerable riqueza de flora o fauna, o por la presencia de poblaciones, especies, subespecies o hábitat que se encuentran en alguna categoría de riesgo y que requieren un control más estricto por la importancia de su preservación.

Lamentablemente, el cuerpo de agua del Estero de San José del Cabo está impactado y con una tendencia a la desaparición, en una problemática histórica, que ahora se propone solucionar por parte de Irene Galindo Román, Segunda Regidora del Municipio de Los Cabos y Presidenta de la Comisión Edilicia Especial Del Estero de San José del Cabo y por instrucciones del Prof. Oscar Leggs Castro, Presidente Municipal de Los Cabos.

En colaboración con el Dr. Iban Murillo Murillo, se ha construido una propuesta conjunta de solución que data de más de un año de distancia. Con base en los resultados obtenidos, se plantea la solución al mejoramiento de la calidad del agua del Estero, ya que se encontraron altas concentraciones de fosfatos, amonio y nitrito, lo que implica que crezca la vegetación y desaparezca el cuerpo de agua.

Actualmente se encuentran las condiciones para recuperar el cuerpo de agua del Estero y garantizar el derecho humano al medio ambiente de las ciudadanas y ciudadanos. Por eso, es de vital importancia se realicen los pasos necesarios de manera inmediata y se asignen los recursos para poder realizarlo y así rescatarlo.