El cantón de San Rafael de Heredia se caracteriza por trabajar temas ambientales desde hace muchos años, tanto externos con las comunidades, como internos con los funcionarios.

Desde hace cuatro años han interiorizado el programa de gestión ambiental institucional (PGAI), obteniendo como resultado la nota verde en un total de seis edificios municipales. Paralelamente se ha trabajado en el programa de bandera azul. Ambos programas incluyen parámetros como generación de residuos sólidos, recolección, tratamiento y disposición tanto de los residuos ordinarios como residuos especiales y peligrosos.

En el tema de educación ambiental, reforestación como una manera de compensación del cambio climático, consumo a agua, electricidad y combustibles.

El primer programa es una forma de que las instituciones públicas aporten en realizar acciones para mitigar el cambio climático. En el segundo programa se consideran tanto a los funcionarios municipales como a las acciones que se realizan en conjunto con grupos organizados dentro del cantón y en general con la comunidad y centros educativos.

En 2020 se ha logrado pasar de tener tres edificios municipales con bandera azul a un total de cinco; de los tres edificios municipales iniciales pasaron de tener, en el edificio principal, dos estrellas a cuatro; en el Paradero Monte la Cruz una estrella a dos. En ambos casos se obtuvo la estrella naranja, esto debido a que se han realizado acciones para el bienestar animal tanto para mascotas como la vida silvestre dentro del cantón.